Chi tiết bài báo

Tên bài báo:	Multiplex exome sequencing reveals genome-wide frequency and distribution of mutations in the ‘Micro-Tom’ Targeting Induced Local Lesions in Genomes (TILLING) mutant library (Lượt xem: )
Tên tạp chí:	Plant Biotechnology
Tạp chí thuộc:	Tạp chí KH quốc tế (khác)
Chỉ số IF/H:
Năm xuất bản:	2019
Nước xuất bản:	Nhật Bản
Tác giả thuộc Học viện:	TS. Phạm Thị Dung
Các tác giả bài báo:	Ryoichi Yano, Ken Hoshikawa, Yoshihiro Okabe, Ning Wang, Pham Thi Dung, Pulungan Sri Imriani, Hiroshi Shiba, Tohru Ariizumi, Hiroshi Ezura.
Tóm tắt bài báo:	While the ‘Micro-Tom’ TILLING mutant library is used for a wide range of purposes, including both basic research of gene function and breeding of commercial cultivars, genome-wide distribution and frequency of mutations have not yet been thoroughly elucidated on a population scale. In this study, we developed a 96-plex exome sequencing method to identify and analyze mutations within the TILLING mutants that were developed in the University of Tsukuba. First, an Illumina paired-end sequencing coupled with 96-plex exome capture resulted in the acquisition of an exome sequence dataset with an average read count of 5.6 million for the 95 mutants. Over 98% of the capture target region could be covered by the short reads with an averaged read depth of 12.8, which enabled us to identify single nucleotide polymorphisms and Indels in a genome-wide manner. By subtracting intra-cultivar DNA variations that are present between wild-type ‘Micro-Tom’ lines, we identified 241,391 mutation candidates in 95 mutant individuals. Of these, 64,319 and 6,480 mutations were expected to cause protein amino acid substitutions or premature stop codon, respectively. Based on the exome mutation dataset, a mutant line designated ‘TOMJPW601’ was found to carry a premature stop codon mutation (W261*) in a putative auxin influx carrier gene SlLAX1 (Solyc09G014380), consistent with our previous report of its curly leaf phenotype. Our results suggested that a population-scale mutation database developed by multiplexed exome sequencing could be used for in silico mutant screening, which in turn could contribute to both gene function research and breeding programs.
Link:	https://www.jstage.jst.go.jp/article/plantbiotechnology/36/4/36_19.0830a/_article/-char/en

Bài báo liên quan

1

Genetic relationship of asiatic hard clam populations collected in northern coastal provinces in Vietnam based on mtDNA sequence analysis

Tác giả: TS. Nguyễn Hữu Đức

Năm xuất bản:
2018

2

ĐÁNH GIÁ VIỆC THỰC HIỆN CHƯƠNG TRÌNH XÂY DỰNG NÔNG THÔN MỚI Ở HUYỆN QUẢNG XƯƠNG, TỈNH THANH HOÁ

Tác giả: PGS.TS. Trần Trọng Phương

Năm xuất bản:
2017

3

CHUYỂN ĐỔI CƠ CẤU SỬ DỤNG ĐẤT NÔNG NGHIỆP THEO HƯỚNG NÂNG CAO GIÁ TRỊ GIA TĂNG HUYỆN NAM SÁCH, TỈNH HẢI DƯƠNG

Tác giả: PGS.TS. Nguyễn Thị Vòng
ThS Nguyễn Tuấn Anh (K.QLĐĐ)
ThS Nguyễn Quang Huy (QLDD)

Năm xuất bản:
2018

4

Effects of prior freezing conditions on the performance of the freeze drying process of blueberry

Tác giả: TS. Ngô Thị Hiền

Năm xuất bản:
2017

5

Phát triển sản xuất và tiêu thụ thanh long trên địa bàn xã Vân Trục, huyện lập Thạch, tỉnh Vĩnh Phúc

Tác giả: Vũ Thị Thu Hương
ThS Nguyễn Ngọc Mai

Năm xuất bản:
2018

6

Sự lưu hành và đặc tính di truyền của virus cúm gia cầm A/H5N6 tại một số tỉnh biên giới phía Bắc Việt Nam

Tác giả: PGS.TS. Phạm Ngọc Thạch
Đào Lê Anh
GS.TS. Nguyễn Thị Lan (KTY)
PGS.TS. Trịnh Đình Thâu

Năm xuất bản:
2017

7

NGHIÊN CỨU ẢNH HƯỞNG CỦA CHẾ ĐỘ CHIẾU SÁNG BẰNG ĐÈN LED ĐẾN SINH TRƯỞNG PHÁT TRIỂN, NĂNG SUẤT VÀ RA HOA CỦA CÂY TÍA TÔ XANH HÀN QUỐC (Perilla frutescens (L.) Britton) TRỒNG THỦY CANH TRONG NHÀ

Tác giả: Nguyễn Quang Thạch
ThS Nguyễn Thị Phương Dung

Năm xuất bản:
2017

8

Morphology and Agronomical Characteristics of Some Morning Glory (Impomea spp.) Accessions

Tác giả: TS. Bùi Thế Khuynh
PGS.TS. Ninh Thị Phíp
PGS.TS. Nguyễn Tất Cảnh

Năm xuất bản:
2017

9

TÁCH LỚP CHẤT KHÁNG NẤM VÀ KHẢO SÁT HIỆU LỰC PHÒNG TRỪ BỆNH HÉO VÀNG CÀ CHUA (Fusarium oxysporum) CỦA CHẾ PHẨM SINH HỌC VH- BIOCHEM 01

Tác giả: TS. Nguyễn Đức Huy

Năm xuất bản:
2018

10

Đánh giá ảnh hưởng của gien kháng vi khuẩn gây bệnh bạc lá lúa đến hiệu quả sản xuất lúa lai

Tác giả: PGS.TS. Vũ Thị Thu Hiền

Năm xuất bản:
2018

Tin mới
Xem nhiều nhất

Địa chỉ tra cứu danh sách các tạp chí quốc tế thuộc danh mục ISI và Scopus

Địa chỉ tra cứu danh sách các tạp chí quốc tế thuộc danh mục ISI và Scopus

HH../KH&CN đóng góp hiệu quả trong công nghiệp hóa, hiện đại hóa, nông nghiệp, nông thôn

HH../KH&CN đóng góp hiệu quả trong công nghiệp hóa, hiện đại hóa, nông nghiệp, nông thôn

Điều chỉnh gien để bù nước cho cây sau hạn hán

Điều chỉnh gien để bù nước cho cây sau hạn hán

Gel bôi tại chỗ bảo vệ nông dân khỏi tác hại của thuốc trừ sâu

Gel bôi tại chỗ bảo vệ nông dân khỏi tác hại của thuốc trừ sâu

Danh mục tạp chí quốc tế và quốc gia có uy tín trong lĩnh vực khoa học xã hội và nhân văn; lĩnh vực khoa học tự nhiên và kỹ thuật do Quỹ Phát triển khoa học và công nghệ Quốc gia công bố

Danh mục tạp chí quốc tế và quốc gia có uy tín trong lĩnh vực khoa học xã hội và nhân văn; lĩnh vực khoa học tự nhiên và kỹ thuật do Quỹ Phát triển khoa học và công nghệ Quốc gia công bố

Kết quả nổi bật

Tiến bộ kỹ thuật "Xử lý rơm tươi bằng urê làm thức ăn cho trâu bò"

Tiến bộ kỹ thuật "Xử lý rơm tươi bằng urê làm thức ăn cho trâu bò"

Thành công của đề tài khoa học và công nghệ độc lập cấp quốc gia

Thành công của đề tài khoa học và công nghệ độc lập cấp quốc gia

Tạo giống khoai tây kháng bệnh virus và mốc sương

Tạo giống khoai tây kháng bệnh virus và mốc sương

Nghiên cứu phát triển nguồn gen hoa hiên (Hemerocallis sp.) phục vụ trang trí cảnh quan tại Hà Nội

Nghiên cứu phát triển nguồn gen hoa hiên (Hemerocallis sp.) phục vụ trang trí cảnh quan tại Hà Nội

Thành công của đề tài “Nghiên cứu công nghệ sản xuất bột chè xanh uống liền” mang thương hiệu Việt

Thành công của đề tài “Nghiên cứu công nghệ sản xuất bột chè xanh uống liền” mang thương hiệu Việt

Tin tức

Địa chỉ tra cứu danh sách các tạp chí quốc tế thuộc danh mục ISI và Scopus

Địa chỉ tra cứu danh sách các tạp chí quốc tế thuộc danh mục ISI và Scopus

HH../KH&CN đóng góp hiệu quả trong công nghiệp hóa, hiện đại hóa, nông nghiệp, nông thôn

HH../KH&CN đóng góp hiệu quả trong công nghiệp hóa, hiện đại hóa, nông nghiệp, nông thôn

Điều chỉnh gien để bù nước cho cây sau hạn hán

Điều chỉnh gien để bù nước cho cây sau hạn hán

Gel bôi tại chỗ bảo vệ nông dân khỏi tác hại của thuốc trừ sâu

Gel bôi tại chỗ bảo vệ nông dân khỏi tác hại của thuốc trừ sâu

Danh mục tạp chí quốc tế và quốc gia có uy tín trong lĩnh vực khoa học xã hội và nhân văn; lĩnh vực khoa học tự nhiên và kỹ thuật do Quỹ Phát triển khoa học và công nghệ Quốc gia công bố

Danh mục tạp chí quốc tế và quốc gia có uy tín trong lĩnh vực khoa học xã hội và nhân văn; lĩnh vực khoa học tự nhiên và kỹ thuật do Quỹ Phát triển khoa học và công nghệ Quốc gia công bố

Thống kê số lượng đề tài

Thống kế số lượng bài báo

Thống kê truy cập

Lượt truy cập: 5931969
Đang trực tuyến: 224

BAN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ - HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM

Địa chỉ: Trâu Quỳ - Gia Lâm - Hà Nội - Việt Nam.

Điện thoại: 84-2462617532 Fax: 84-2438276554 - Email: webmaster@vnua.edu.vn

Copyright by Ban Khoa Học Và Công Nghệ - Designed by hoangmtan@gmail.com